s.c.a.m.众人将幕后黑手的帽子扣在马尔斯身上，与处于休整期的大红龙达成协议，登上对方的飞船前往泰坦空间站救出赵竹衣，郑辉为洗清怀疑也偷偷登舰。对一切心知肚明的龚安居带足人手亲自出马，也利用众人，出乎所有人意料地将泰坦空间站占为据点。东方银白和辛西娅大打一场，最后辛西娅却死于莱多尼之手，辛西娅唯一的愿望就是东方银白的自由。一番波折救回赵竹衣，林遵在外太空过了意义重大的生日并且成为了觉醒者。郑辉的影像被接了相应合约的青阳猎团拍到。艾克的朋友秋碧和青阳打了一场电子战，毁掉了影像，撤掉了合约。
新学期开始，s.c.a.m.立刻受到了阿斯塔的责问，忍气吞声后大家安慰小萝莉，所有人都相信她。s.c.a.m.在秋碧的帮助下开始调查魂务处。艾克建议将在营救赵竹衣时意外获得的大笔财富用于外域居点的建设，同时也可以躲开觊觎s.c.a.m合约优先权而不断上门挑战的各路社团。莱薇则建议就安置在泰坦空间站，青阳猎团大找麻烦。郑辉被禁足，s.c.a.m.众人答应她尽快回来。秋碧带来了自己的飞船，同时对据点的建设大感兴趣，也带来了五位主管消息：阿斯塔*谢兰是早已退役淡出所有人视野的上代银河联邦舰队总指挥官的名字，有传闻他参加了统一教；郑辉没有任何资料可查。众人推测出阿斯塔极有可能是总指挥官的克隆体，为了统一教吞食而合一的理念存在。
随即，学校内的异教典研究ghk所发生火灾，统一教资料全部被毁，研究ghk员全部死于大火。秋碧的调查被严重阻碍。
人类文明议院和周边种族文明的小摩擦有升级的迹象。s.c.a.m基本完成了泰坦空间站据点的建设，秋碧建了一所孤儿院。申请的校外期还有一段时间，s..推荐，秘密接下外交部长巴斯蒙委托的侦测一个殖民地外种族活动情况的任务。没想到地方人类武装突袭，摩擦直接演变为小型战争，林遵第一次见识到战争的残酷。s.c.a.m众人被人类武装和殖民地武装双面攻击，勉强杀出一条血路，为了救艾克林遵失去左臂昏迷，艾克的颈带被打断，露出真容—她实际上是塞拉瑞的王女莉迪雅*拉蔻洱，塞拉瑞反抗突锐侵略者的最后希望。此役艾克和莱薇成为觉醒者。最后被其他安全返航的s.c.a.m成员找来的秋碧，带着颈带救回两人，众人发现了冲突背后统一教的影子。
长回左手的林遵对昏迷时照顾他的莉迪雅念念不忘。林遵向龚安居询问关于阿斯塔的信息，对方要求的代价是获取某星球的持剑淑女的分布资料。这是一种制作新型毒品的植物原料。大红龙获取后需要按点销毁。打算在该星球势力的核心区偷取资料的s.c.a.m，碰见了实力极强的星际独行大盗黑隼。黑隼打败了s.c.a.m所有人打算带着资料离去，却被莱薇阻止了。事后询问，原来黑隼真名为尼尔*卡夫瑞，是莱薇的父亲。更多的莱薇不愿说，林遵只好拜托秋碧调查，同时自己也以伪造身份发布委托想吊黑隼出来。
回到地球的s.c.a.m.参加完期末考。林遵把持剑淑女的资料交给龚安居，换取了关于阿斯塔的真相：作为克隆人的阿斯塔，诞生便被总指挥官用统一教的秘法植入了小部分总指挥官的灵魂。那之后他自己的灵魂就和总指挥官的灵魂一直在争夺身体。还能保持自我的时候，他逃跑了，同时借助一个古老的铭文系统，把总指挥官的灵魂再次分割并隔离出来一部分，连同那个铭文系统一起封印在了逃跑时抢夺的总指挥官的外孙女身体里，女孩儿沉睡但阿斯塔得以苟延残喘。阿斯塔逃至地球，出资参与了觉醒大学的二次扩张建设，将真相告诉了初代的大红龙骑士团团长，并且定下长期合约：时刻监视他的灵魂波动，一旦发生变化就将他强制留在地球上，给予的代价是大红龙在学校里的超然地位。到如今也有五十年了，十三年前郑辉苏醒并成长，这给了阿斯塔极大的恐惧。
在一次争夺身体成功后，总指挥官定计，借助【基督的见证人】终于毁掉了一直以来对阿斯塔魂波的监测记录和大红龙保留的合约刻本。
艾克在检查了阿斯塔的魂波正常后，s.c.a.m.众人和他一谈，阿斯塔痛苦地承认了一切。郑辉偷听到了谈话，察觉到的阿斯塔情绪激动，身体失守。s.c.a.m众人和总指挥官大打出手，惨败。情急时林遵二次觉醒，还是惨败，之后东方银白和赵竹衣再次觉醒，还是惨败。最后龚安居出手帮忙，才让阿斯塔恢复正常。铭湖底传来骚动，一个黑发的年轻男子醒了过来，爬上岸。
众人对指挥官的实力有了深刻认识。赵竹衣教给了阿斯塔固守本心的秘法。林遵和诸位妹子的关系近了一层。
暑假各人过着各自的生活。名为星海的黑发男子找到了林遵，他似乎认识林父。星海和林遵打了一场，一直强调这是宿命，还有更加严苛的命运等待着林遵。
新学年，林遵的冰冷系妹妹林瀞入学。s.c.a.m.一阵鸡飞狗跳。
为了缓和与突锐人之间的关系，人类文明议院邀请突锐使团参观学校，由外交部长巴斯蒙*埃德勒陪同。使团尤其对恢复元气的大红龙感兴趣，导致骑士团很多活动被迫停止。星海加入了大红龙。龚安居委托s.c.a.m进行调查。发现使团与部长真实意图是搜索逃至地球的塞拉瑞之子莉迪雅。为了维持原来与艾克的协议，龚安居迫使林遵设局将线索导向了统一教。
突锐人的到访令艾克变得焦躁，同时秋碧传来了经费告急的消息。在艾克的极力坚持下，s.c.a.m决定量产高级铭文系统贩卖。为了获得相应材料，s.c.a.m接受委托剿灭占据安铂铌矿资源星的星际海盗。大红龙表示正在应付突锐人的调查不能给予s.c.a.m过多帮助，星海表示愿意帮忙，但是事后会向他们索取关于统一教的情报。黑隼找到了林遵，这个笨拙的父亲居然为女儿偷来了阿萨丽人最新开发的智能战舰莫瑞甘号作为生日礼物。s.c.a.m把飞船藏进泰坦的仓库。银河联邦警察追踪而至，带来巴斯蒙的口讯。默许s.c.a.m的行为，但是被发现的话不会承认。s.c.a.m花了一个多月把战舰改造成白隼号。完成了剿灭海盗的委托，同时建立了自己的武装商团和贸易线。秋碧的孤儿院里很多孩子想要加入s.c.a.m，秋碧很烦恼，和林遵吵了一架。
机缘巧合之下，阿斯塔和郑辉在校外发现了一个从未登记过的普罗暹文明研究ghk所，里面居然全部都是统一教教徒，联合安全科和大红龙将之完全毁掉后，两人委托s.c.a.m对远古文明普罗暹进行调查，同时发现了统一教的圣物信标崇拜和掩藏灵魂波动的方法，星海对此表示非常激动。郑辉可以进入太空而不被发现了。
林瀞大闹一番后加入了s.c.a.m，执行了第一份合约。秋碧和林瀞很合得来。假期中巴斯蒙委托s.c.a.m.参与了突锐、萨拉睿安、阿莎丽、人类、克洛根等主要种族、针对虫族雷克耐的局部战争，目的是防备萨拉睿安的神兵部队
共一同盟（leagueofone)乘机制造混乱。
秋碧在空间站建立了名为影子掮客的情报经纪商的身份。这带来很多业务与危险，尤其对孤儿院的孩子而言。林遵帮她解决了几个来自魂影旅团的刺客，发现小姑娘意外地纯情。
巴斯蒙委托s.c.a.m.参与和断河星系对面的原本入侵实力的谈判时的护卫工作。他讲述了一段发生在近百年前的人类抵御外敌入侵的战争故事，和发生在三十年前的奇异历史。回程途径塞拉瑞，林遵等人下船，发现萨拉睿安的神兵部队
共一同盟（leagueofone)在协助突锐人搜捕反抗势力。艾克难以接受，立刻通知了反抗势力的领导人——康斯坦丁*赫尔。
后者孤注一掷，用重金联系到了魂影旅团，发布了清除神兵部队
共一同盟（leagueofone)的委托。
【基督的见证人】正在被统一教不断地侵蚀势力，几乎所有的圣女都被扑杀，便向s.c.a.m和大红龙求助。大红龙通过s.c.a.m和巴斯蒙，与银河联邦警察达成协议，正式成为银河联邦不存在书面上的绝灭统一教战线之一。面对基督的见证人的召回和s.c.a.m的同伴，东方银白感到矛盾，林遵则建议她安守本心。东方银白决定陪伴s.c.a.m和林遵最后一年。
大学遭到了来自火星的不明武装的袭击。s.c.a.m.和大红龙激烈抵抗之时，林父出现了告知了林遵的真实身份。不明武装是赤潮叛乱的余党——赤潮叛乱是三十几年前断河星系外的人类和其手下机器智能军队百年战争失败，被机械智能送来银河系的俘虏移民发动的。垦荒数十年却依旧居无定所、被银河系文明称为背恩者的叛军余党，目的是夺取林遵本人——叛军与统一教的的m77研究ghk所，第二代铭文集合系统用人造人。
秋碧挂出信息找m77研究ghk所。突锐人s星领袖戈拉瑞亚出现在泰坦，艾克抑制不住杀意想设局干掉他，赵竹衣和秋碧阻止了她，但身份被东方银白和林瀞知晓。