哈丁战役对圣殿骑士团的打击十分深远，不仅仅是军事上损兵折将――如果光是军事上的失利他们很快就能恢复，更重要的是由于圣城失陷，他们失去了政治上最重要的立足之地。失去了圣地守护者的地位，他们存在的意义也要大打折扣。后来的第三次十字军东征又带来了英格兰的狮心王理查一世、法国的高贵王菲利普二世，跟他们的力量比起来，圣殿骑士团只能做配角。总之，圣殿骑士团的辉煌虽然仍在持续，但他们的时代已经去日无多了。

1291年阿科陷落之后，圣殿骑士团和医院骑士团一起撤到塞浦路斯，此后又回到法国。这也许是圣殿骑士团犯下的最严重的错误：没有自己的土地，他们就只能受别人摆布。相比而言，医院骑士团和条顿骑士团就聪明的多，医院骑士团虽然人不多，但仍在罗德岛上苦苦支撑，后来又在马耳他岛建立了自己的国家。条顿骑士团也在普鲁士建立了骑士团国。圣殿骑士团回到法国只能用自投罗网来形容，从此他们就注定走上毁灭的道路。

当时法国的国王是“美男子”菲利普四世，后来被尊称为“公正王（philipivthefair）”，他在历史上也是一个很有作为的国王，打击贵族，维护法兰西的利益。而且这位美男子对教会显然没有什么感情，连续有两位罗马教皇在他手下不明不白地送了命，直到他把他的亲信波尔多大主教贝特朗（bertranddegoth）扶上教皇的宝座才罢手，这位贝特朗就是教廷历史上的克莱蒙特五世。

1307年10月13日，那是一个星期五（这就是黑色星期五的由来），在毫无预兆的情况下，菲利普四世向法国各地的事务官发出密函，要求他们在同一时间打开，密函上的内容正是逮捕各地的圣殿骑士团成员。菲利普的突然袭击获得了圆满成功，法国几乎所有的圣殿骑士团成员都被逮捕，仅在巴黎就有138名骑士团成员被捕，圣殿骑士团的高层包括大团长雅克·;德·;莫莱（jacquesdey）无一幸免。菲利普四世给圣殿骑士团编排的罪名是“异端”，这真是很有意思，圣殿骑士团确实也不是什么善男信女，你可以说他们贪婪，说他们残暴，但要说异端就未免有点离奇了，从骑士团成立开始，它一直就是教皇座下最忠诚的力量，教皇前后共赐予他们上百条特权。不过菲利普四世需要的不是符合逻辑的观点，他只需要将骑士团打入万劫不复之境。法国的宗教裁判所立即就开始对骑士团成员进行审讯。在宗教裁判所的“有效工作”下，圣殿骑士们开始招供，其中包括大团长雅克·;德·;莫莱。裁判所还让他给所有的骑士团成员发布一道命令，解决他们保密的义务。在莫莱的这道命令之后，骑士团成员向裁判所给出了千奇百怪的供词，有的承认他们入会时要向十字架吐口水，有的说他们搞巫术，有的说他们崇拜异教的偶像，至于这个异教偶像是什么样子，各人又有各人的说法，另外还有骑士团成员之间搞同性恋――这个也许是唯一可信的罪名。据记载，仅巴黎一地就有36名骑士团成员在审讯过程中死亡，我们可以想象这些供词究竟是在什么样的情况下获得的。

菲利普四世的行动得到了教皇克莱蒙特五世的支持――事实上他们俩就是同谋，教皇在1307年稍晚些时候发布圣谕，谴责圣殿骑士团的罪恶，要求各国采取行动，彻底取缔圣殿骑士团。在菲利普四世和教皇的威胁下，各国虽然有不满，但也只好服从，不过在其它国家只有很少的圣殿骑士被处死。

按照宗教裁判所的惯例，承认异端的至少可以留下一条名，不过很多圣殿骑士团成员后来相继翻供，在教廷派来的主教面前否认了之前的供词。骑士团成员的翻供让菲利普四世十分恼怒而且不安，对他们的审判又持续了几个月，这些翻供的圣殿骑士团成员再也没有承认罪行，他们中的很多人死于狱中，剩下的则上了火刑架。1510年在巴黎召开的桑城宗教会议上将否认供词的骑士团成员谴责为异端累犯，判处火刑。5月10日这一天有54名圣殿骑士被宗教裁判所用文火烤死。

大团长莫莱和其它几名骑士团高层由于地位非同寻常，他们直到7年后，即1314年3月18日才被宣判。菲利普四世本来准备将已经承认异端罪行的莫莱等人判为无期徒刑，谁知在宣判时莫莱和诺曼第分团长儒弗鲁瓦·德夏尔尼站起来否认原供词。公审大会草草收场，莫莱和儒弗鲁瓦·德夏尔尼被送上了火刑架，莫莱在死之前诅咒菲利普四世和克莱蒙特五世，说他们在一年内都会面临永恒的审判。事实上，这个诅咒真的应验了，仅仅一个月后，克莱蒙特五世暴病而死。“美男子”菲利普五世比他多活了半年多，这一年的11月29日，他在打猎时身亡，据说是被一只野猪撞死的，不过也有人对这一说法表示怀疑，因为菲利普四世是一个有着非凡勇力的骑士，据说他能将两名大汉轻松地扛在肩上。

菲利普四世对圣殿骑士团采取血腥行动的原因在历史上并没有明确的记载，历史学家也有各种各样的看法，一个比较公认的观点是他觊觎圣殿骑士团的财产，正所谓“匹夫无罪，怀璧其罪”。更直接的说法是他欠骑士团一大笔钱，所以他才会对骑士团下手。也有人认为菲利普四世和骑士团有矛盾，当初菲利普四世曾想加入骑士团，但被拒绝了，因而怀恨在心。也有人为菲利普四世辩护，认为当时圣殿骑士团企图建立骑士团国，菲利普为了维护法国的统一，所以才这么做。不过对于圣殿骑士团建国这一企图似乎并没有什么有力的证据。总的来说，圣殿骑士团异端案整个事件完全可以用“莫须有”三字来概括。

圣殿骑士团被消灭后，根据教皇的命令，医院骑士团获得了大部分遗产，各国的圣殿骑士团成员有很多转到医院骑士团门下，可以说医院骑士团是最大的受益者。菲利普四世则独吞了骑士团在法国的财产，也有人认为他并没有得到多少好处，圣殿骑士团在灾难来临之前已经有所预感，将在法国国内的大部分财产转移走，因此法王菲利普四世最后还是竹篮打水一场空。圣殿骑士团在葡萄牙的组织则改名为耶稣会继续存在，其性质也由军事修会变为主要从事海外宣教的修会。苏格兰国王罗伯特也许是对圣殿骑士团最宽容的国王，他公然违抗教皇的圣谕，拒绝对领地内的圣殿骑士采取敌对行动，因此欧洲大陆的圣殿骑士团成员有不少逃往苏格兰，投入罗伯特手下。据说后来在苏格兰与英格兰的战争中，正是依靠这些圣殿骑士的英勇作战，苏格兰人才打败了占优势的英格兰军队。

不管怎么说，圣殿骑士团作为一个组织从此成为历史，由于它与宗教、与圣地的密切联系，以及它曾经的强大和富有，再加上戏剧性的历史，圣殿骑士团一直都是传说中经常出现主角，特别是在与圣杯有关的传说中。小说《达芬奇密码》里也运用了很多跟圣殿骑士团有关的传说。

圣殿骑士团最初的标志是白色的制服外加白色长袍。大约在1147年第二次十字军东征后，开始在白色长袍的左肩绣上红色十字，一开始是等边十字，后来发展成八角十字。圣殿骑士团的徽章则是两名持盾和矛的圣殿骑士坐在一匹马上，盾上绘有红色的十字。这个徽章象征着骑士团的成员一开始是贫穷的骑士，后来又被解释为骑士团成员的袍泽之谊，不过到了菲利普四世摧毁圣殿骑士团时则被说成是骑士团成员搞同性恋的象征。圣殿骑士团的口号是“神的旨意（godbsp;